神経が死んでいたり、根っこの先に病変が有り根管の病気があるならば、先ずは根管治療を歯周炎の治療よりも先に行うべきです。
どれによって歯周病の最終的な診断を行う前に、根管治療による歯周組織の反応を評価できます。 
根管治療後にしばらく待って、歯周病の程度を知る事が出来ます。
神経の病気によって壊れた部分は根管治療によって、元に戻りますが
歯周病による部分は元に戻る、再生は殆ど起こりません。
根管治療後に治らない分が歯周病によって壊された部分という事になります。

根っこの一番先にまで歯周病が進むと、歯の神経も死んでしまいます。
ここまで進行すると、殆どこの歯は残せません。
同じ歯に同時に歯周病と神経の病気が生じる事も有ります。
それぞれを分けて治療をしていくべきです。