歯の神経が死んでしまうのは、
細菌が神経にまで入り込むからです。
虫歯が大きくなったり、ぶつけた傷から入ったり、治療により神経が出てしまったり、重度の歯周病からもあります。
神経が生きている間は
細菌が入り込むのをなんとか防げるのですが、 
神経が死んでしまうと、簡単に細菌によって感染されてしまいます。
死んだ組織には、私達の身体に備わった防御機構が働かないからです。
歯の神経は歯の中に閉じこもった、隔離された場なんです。
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生きた神経では、免疫細胞が戦って細菌をやっつます。
治療をしなければ、
細菌が攻め込み、炎症が進み、神経の死んだ所が徐々に根の先へと進みます。
最終的には、全ての神経が死んで、根管が感染されてしまいます。

死んだ神経の根管は、
湿気があり、暖かくて、栄養源もあり、酸素が少ないといった
細菌には最高の環境です。
死んだ組織には血流がないため、
体の防御機構から細菌は守られた場所となります。

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RCと書かれているのが神経のあった根管
なんかドロドロの死骸の中にある黒い虫みたいのが細菌の塊
右は黄色い歯の象牙質の細い管の中にまで
黒い細菌が入り込んでいる像。
0.3ミリくらい横方向にも、染み込むよう。